本案系一起股权确认纠纷，争议的焦点在于：有限责任公司的全体股东能否在内部约定不按实际出资比例持有股权。
们认为，股东认缴的注册资本是构成公司资本的基础，但公司的有经营有时还需要其他条件或资源， 因此，在注册资本符合法定要求的情况下，各股东的实际出资数额和持有股权比例应属于公司股东意思自治的范畴，各股权按照自己的意愿对自己的出资与持股比例达成合意，是当事意思自治的表现，在不违反国家法律法规的前提下，在不损害债权人利的基础上，就是合法有效的。股东按照约定持有股权是股东自治权的表现，应当受到法律的尊重与保护。
本案中，一审法院认为“C公司、B公司与D公司关于B公司与D公司以教育资本出资占A公司70%股份的约定不符合公司法第27条关于非印出资规定的条件，也没有进行评估作价，该约定对当事人不具有法律束力，属于适用法律错误。原审法院原审判决将公司法规定的非货币资产出资评估程序理解为公司提起股东出资诉讼的必要性前置程序，认为若不进行补充评估，则公司要求股东依章程约定的固定作价履行非货币资产过户手续的诉请将不予支持。此认定方式的错误之处在于，未准确把握该条规定中关于非货币财产应当依法评估作价的规定属管理性规范，而非效力性的强制规定。在发起人共同设立的公司已注册成立的情形下，未经法定评估作价的程序性瑕疵并不必然导致章程中关于非货币资产作为出资的约定无效，更不能据此免除出资人的出资义务。
二审法院裁判错误较为明显，根据我国合同法第52条、《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法）若干问题的解释（二）》第14条规定，判断合同无效应以法律、行政法规的效力性强制规定为准，而不能仅适用作为部门规章的《独立学院设置与管理办法》判决合同无效。
在本案中，再审判决开创性地确认了有限责任公司股东“零”出资而持公司股权，确立了有限责任公司全体股东可以约定不按实际出资比例持有公司股权的司法判例，，为有限责任公司股东扩大自治空间提供了判例依据。
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